陈磊

一、基础信息

个人简介:陈磊,男,汉族,19821月生,上海南汇人,民盟盟员,博士研究生学历,副教授,现Journal of Medical SystemsFrontiers in Genetics副主编,Combinatorial Chemistry & High Throughput ScreeningCurrent Proteomics部门编辑,Current BioinformaticsCurrent Gene Therapy编委会成员。主要从事人工智能在生物医学上的应用和算法理论方面的教学研究工作,在设计算法处理和分析生物医学数据方面取得了重要成果,主持国家自然科学基金、上海市自然科学基金等项目,发表多篇顶级期刊学术论文。2020-2022年连续三年入选爱思唯尔中国高被引学者及全球前2%顶尖科学家榜单。

(一)个人基础信息

性别:陈磊

出生年月:19821

职务:副教授

博硕导:硕士生导师

电子邮箱:lchen@shmtu.edu.cn

(二)教育经历

于华东师范大学大学系统分析与集成专业,取得博士学位

(三)社会兼职

1. Journal of Medical Systems副主编

2. Frontiers in Genetics副主编

3. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening部门编辑

4. Current Proteomics部门编辑

5. Current Bioinformatics编委会成员

6. Current Gene Therapy编委会成员

二、科学研究

(一)研究领域及科研团队

研究领域:生物医学大数据处理及人工智能算法设计、生物信息学、算法设计与分析、图论

(二)代表性论文成果

1.   Lei Chen, Yuwei Chen, RMTLysPTM: Recognizing multiple types of lysine PTM sites by deep analysis on sequences, Briefings in Bioinformatics, 25(1)(2024), bbad450.

2.   Lei Chen, Jing Xu, Yubin Zhou, PDATC-NCPMKL: Predicting drug’s Anatomical Therapeutic Chemical (ATC) codes based on network consistency projection and multiple kernel learning, Computers in Biology and Medicine, 169(2024), 107862.

3.   Lei Chen, XiaoYong Pan, Wei Guo, Zijun Gan, Yu-Hang Zhang, Zhibin Niu, Tao Huang, Yu-Dong Cai, Investigating the gene expression profiles of cells in seven embryonic stages with machine learning algorithms, Genomics, 112(3)(2020), 2524-2534.

4.   Lei Chen, XiaoYong Pan, Yu-Hang Zhang, Min Liu, Tao Huang, Yu-Dong Cai, Classification of widely and rarely expressed genes with recurrent neural network, Computational and Structural Biotechnology Journal, 17(2019), 49-60.

5.   Lei Chen, Tao Liu, Xian Zhao, Inferring anatomical therapeutic chemical (ATC) class of drugs using shortest path and random walk with restart algorithms, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Basis of Disease, 1864(6, Part B)(2018), 2228-2240.

6.   Lei Chen, Yu-Hang Zhang, Zhenghua Zhang, Tao Huang, Yu-Dong Cai, Inferring novel tumor suppressor genes with a protein-protein interaction network and network diffusion algorithms, Molecular Therapy - Methods & Clinical Development, 10(2018), 57-67.

7. Lei Chen, Yu-Hang Zhang, Guohui Lu, Tao Huang, Yu-Dong Cai, Analysis of cancer-related lncRNAs using gene ontology and KEGG pathways, Artificial Intelligence in Medicine, 76(2017), 27-36.

8.   Lei Chen, Xiaoyong Pan, XiaoHua Hu, Yu-Hang Zhang, ShaoPeng Wang, Tao Huang, Yu-Dong Cai, Gene expression differences among different MSI statuses in colorectal cancer, International Journal of Cancer, 143(7)(2018), 1731-1740.

9.   Lei Chen, Weiming Zeng, Changhong Lu, NP-completeness and APX-completeness of restrained domination in graphs, Theoretical Computer Science, 448(2012), 1-8.

10.Lei Chen, Changhong Lu, Zhenbing Zeng, Hardness results and approximation algorithms for (weighted) paired-domination in graphs, Theoretical Computer Science, 410(47-49)(2009), 5063-5071.

三、教学信息

(一)授课信息

主讲本科生课程:《离散数学》、《计算方法》

主讲研究生课程:《矩阵分析与应用》

(二)指导学生获奖情况

1. 2019年指导研究生参加中青杯全国大学生数学建模竞赛获二等奖

2. 2018年指导本科生参加亚太地区大学生数学建模竞赛获本科生组二等奖

四、其它成果或荣誉

(一)其它荣誉

1. 爱思唯尔中国高被引学者,爱思唯尔出版社,202020212022

2. 上海海事大学校刘浩清青年英才奖,校级,上海海事大学,2019

3. 上海海事大学校优秀教育工作者,校级,上海海事大学,2017

4. 上海海事大学科技论文奖一等奖,校级,上海海事大学,2016

5. 上海海事大学ESI高被引论文奖,校级,上海海事大学,2014

6. 上海海事大学校优秀青年教师,校级,上海海事大学,2013

7. 上海市计算机学会优秀博士论文优胜奖,上海市计算机学会,2012

8. 上海市晨光学者,省部级,上海市教育委员会、上海市教育发展基金会,2012

9. 上海海事大学课题组科技奖(论文),校级,上海海事大学,2010

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